萬級凈化手術室是采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，以達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫度、濕度，創造一個清新、潔凈、舒適、細菌數低的手術空間環境，使病人在手術時組織受到盡可能少的損傷，并大大減低感染率，尤其是顱內手術和燒傷手術，保證病人術后能更快更好地恢復。
一、操作要求
層流手術室的空氣壓力根據其不同區域（如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等）潔凈度不同要求而不同。不同級別的層流手術室其空氣潔凈度標準不同，例如美國聯邦標準1000級為每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤1000顆或每升空氣中≤35顆。10000級層流手術室的標準為每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數≤10000顆或每升空氣中≤350顆。依次類推。
二、具體操作
1、嚴格凈化
各手術室空氣凈化系統在手術室墻面四角、凈化機組、天花板、走廊、新風機、排風機都設有不同級別的過濾器，并對其進行定期清潔、維修和更換，嚴格保證室內空氣的無菌；另外，層流手術室的衛生管理工作除了日常清潔工作和過去一樣，不能有絲毫放松，還對室內的清潔工作有特殊的要求，室內墻角全部為弧形結構設計，找不到任何一個90°的墻角，使細菌無處藏身，避免了清除不盡的死角，并且室內無須使用物理或化學方法進行消毒，這樣既節省勞動又防止外來污染的進入。
2、正壓通氣
層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），手術室內形成正壓環境，使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，一股細小、薄層的氣流，以均勻的流速向同一方向輸送，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。目前，層流手術室分為垂直層流式和水平層流式兩種。垂直層流式（Supply air ceiling for operating theatre）高效過濾器裝在手術病床的正上方，氣流垂直吹送，回風口設在墻面的四角，確保手術臺潔凈度達標，一般多采用垂直層流式效果較好。正是采用的這種垂直的層流式，在手術室內的頂部還設置了一個吊塔式的負壓吸引系統，將醫生在手術時呼出的空氣吸出塔外，進一步保證手術室的潔凈和無菌，降低手術的感染率。
3、單通道流向
醫院在層流手術室與消毒柜之間制作了一堵墻，并設立進、出單通道，需消毒的物品經過“輸出”通道直接從手術室轉移到消毒柜，消毒后經過“輸入”通道轉移到手術室，這樣避免了消毒物品在轉移的過程中二次污染。
三、流程管理
1、層流潔凈手術室的工作流程管理具體如下：
1.1、嚴格著裝管理 進入手術室人員務必按規定穿高壓滅菌的手術衣，戴一次性無菌口罩、帽子，離開時衣褲、鞋、帽、口罩放在指定位置，患者均穿清潔的病員服，用交換車接送，戴隔離帽。
1.2、空氣凈化系統的開關及清潔 每日早晨由夜班護士提前1h開啟手術間空調系統，并將溫度按需調至22℃～25℃，濕度控制在40%～60%。每日手術結束后，有清潔工用標志明確、分區使用的衛生潔具將手術間打掃干凈，關閉電動門，經1h層流后關閉空調系統。急診手術間不關閉空調系統。連臺手術在前一臺手術完成后立即進行室內濕式清潔，并關閉30min后進行下一臺手術。
1.3、手術床的放置 手術床放于手術間凈化區域的中心。頭面部手術時將手術床向病人腳部適當移動，下肢手術時將手術床略向頭部移動，以保證手術區域和器械臺完全處于凈化區內。
1.4、保持手術間的正壓 手術中保持電動門處于關閉狀態，盡量減少開關次數，嚴禁開門手術。因為手術室的環境是一個密閉的潔凈環境，門關閉時室內的氣壓大于室外的氣壓，從而保證手術室內的潔凈空氣只能向室外流動，室外的空氣不會進入室內，開門后就破壞了壓差系統，手術間的凈化質量也將受到影響。
1.5、污物處理流程 手術完畢后，污染敷料和器械由洗手護士從傳遞窗向外走廊傳送，迅速關閉傳遞窗內門，取出物品后立即關閉傳遞窗外門。外走廊有清潔工及時處理，污染物扎緊袋子后運送指定處存放。
2 、層流潔凈手術室的維護
2.1、專人維護，定期監測 整個空調系統應有專人負責，定期檢查、維修、保養，對過濾網及時清洗。每個月對手術室空氣、手術室人員的手及手術室無菌物品表面采樣進行細菌培養，檢查凈化效果，發現不合格及時找出原因，并采取有效措施。
2.2、回風口及地面的清潔維護 每日早晨用濕布抹擦所有物體表面及回風口，每周徹底清洗回風口、天花板的回風紗窗。地面每日用專用的清潔劑拖擦，再用清水拖凈，如有血跡及其它污染物污染時，應及時用消毒劑擦洗。搬運重物時應在地面上墊其它物品，以免在地面上劃痕。
2.3、中央控制面板的維護 中央控制面板包括時鐘、計時鐘、溫濕度控制器、照明、空調機組、對講系統等。護士操作時要掌握要領，正確操作，輕輕觸摸開關即可，毋須用力敲打。
2.4、電動門的維護 電動門開關方式包括電動、感應、手動三種。電動開關只需用手或肘部輕輕按壓即可，切忌重壓或長時間按壓。使用感應時只需膝部或腳接近感應窗口，門便自動開啟。如果出現故障時需關閉電源，利用手動，切忌強行拖拉。工作人員合理安排工作程序，避免增加不必要的開門次數。